История территории, на которой сегодня расположилось СПКУ, берет свое начало с 1840 года, когда по решению медицинского департамента Военного министерства началось строительство новых госпитальных корпусов.
Новый военный госпиталь, окончательно отстроенный в 1844 году, был оснащен самым современным для того времени оборудованием и стал самым крупным госпиталем на Северном Кавказе. Зимой здания госпиталя обогревались печным отоплением. К зданиям был подведен водопровод, а на территории были устроены подземные ледники, куда зимой из местных водоемов доставлялся толстый и чистый лед. Отдельно располагалась столовая для ходячих больных, читальня, баня и другие подсобные здания. В начале июля 1847 года в стенах Ставропольского военного госпиталя провел серию показательных хирургических операций Николай Иванович Пирогов – знаменитый русский хирург и основоположник военно-полевой хирургии.
Во второй половине XIX века Ставропольский военный госпиталь утратил свое прежнее значение, так как находился вдали от основных войск Кавказского военного округа и театров военных действий, и в 1895 году был реформирован в местный лазарет. А часть его территорий и зданий отошли размещавшимся в разное время Майкопскому, Самурскому и Таманским полкам.
После Великой Отечественной войны, в июне 1946 года на эту территорию на постоянное место дислокации была выведена легендарная 4-я отдельная гвардейская казачья кавалерийская Кубанская дивизия Северо-Кавказского военного округа, ветераны которой стали живой историей города Ставрополя. Частым гостем кавалерии был герой Гражданской войны, прославленный Маршал СССР С.М. Буденный.
Кавалерия, отслужив свое, уступила место новым войскам и силам: в 1955 году на базе расформированной кавалерии было создано Ставропольское радиотехническое училище войск ПВО страны. Личный состав училища много сил и времени отдал переоборудованию этих сооружений в учебные и библиотечные корпуса.
В 1965 году министром обороны СССР принято решение о создании на базе радиотехнического училища филиала Армавирского высшего военного авиационного училища летчиков по подготовке штурманов. Однако возрастание потребности авиации ПВО в офицерских кадрах привело к необходимости наращивания сети и емкости авиационных училищ. Благоприятные условия для развертывания самостоятельного училища летчиков и штурманов созрели к концу 60-х годов XX века. И 15 сентября 1969 года на основании приказов министра обороны СССР и директивы Генерального штаба Вооруженных сил СССР начало свое формирование Ставропольское высшее военное авиационное (с 1993 г. инженерное) училище летчиков и штурманов имени Маршала авиации Судца В.А. Ставропольское ВИАИУ являлось носителем истории и традиций четырех училищ, которые были сокращены в результате реформирования Вооруженных Сил, и личный состав которых пополнил его ряды в разное время. Всего с 1970 года по 2006 год в Ставрополе произведено 37 выпусков молодых авиационных специалистов, что составило около 13000 лейтенантов. Из них: более 3400 человек летчиков-инженеров, более 2800 штурманов боевого управления, около 4500 авиационных инженеров и техников различных специальностей.
На фондах ликвидированного Ставропольского высшего военного авиационного инженерного училища (института) имени маршала авиации В.А. Судца была проведена крупномасштабная работа по реконструкции и капитальному строительству нового учебного корпуса, столовой, общежитий для обучающихся и спортивных сооружений.
22 июня 2013 года на территории СПКУ состоялось торжественное открытие памятника «Выпускникам училища, погибшим при исполнении воинского долга». На мероприятие были приглашены представители руководства Ставропольского края и города Ставрополя, ветераны и выпускники авиационного училища, а также родственники погибших.
.